其中爭議激烈者要屬一份衛福部在104年12月1日（104年11月27日一審無罪判決後）所出具的檢驗報告。這份報告寫著以管柱層析法分析頂新屏東廠油槽內所存放之原料豬油，所得之總極性化合物數值超標。辯方質疑，在一審判決後突然冒出這份超標的檢驗報告，彰化地院和被告審理期間都不知情有這份證據的存在，衛福部事後出具，形同黑箱作業。
檢察官表示，這份報告與一審中以快篩法檢驗的報告是同時間所做，之所以在二審才提出該報告，是因為一審的檢察官在「後來」才發現有這份報告。
被告辯護人則打臉說，衛福部在一審審理時，就曾於104年8月20日以公函說明「只有用過快篩法檢驗，不曾用過管柱層析法檢驗」，該公函就附在一審的卷宗裡面，與檢察官的說法顯然有所矛盾，若不曾以管柱層析法檢驗，又要怎麼「後來才發現」呢？
辯護人進一步認為，該報告並非日常例行之公文書，是針對特定事件所做，依刑事訴訟法規定不能當做證據。
何況，無論分析樣品的方式如何，當初檢察官在採集樣品時，就未依CNS規定方式採集，也未全程錄影，抽樣的日期與出具報告日期更相距一年多，也未記載實施檢驗日期，在這樣的情況下，樣品是否保存恰當，甚至兩份報告是否為同一樣品，都屬疑問。
再者，辯護人也指出衛福部在一審無罪判決後，曾公開表示「會配合檢察官上訴」，即使檢察官對此回應，衛福部出具的檢驗報告是政府公文書，不可能是偽造、變造而來。這份檢驗報告的真實性還是令人質疑。
法操認為，一審判決已指出，檢方前往頂新屏東廠採樣，是以快篩法檢驗，沒有再以「管柱層析法」確認檢驗，與油炸油安全管理簡易手冊規定不符。為何衛福部在一審無罪判決後，隨即就拿出以「管柱層析法」檢驗的報告，實在令人匪夷所思，是否真如衛福部所說的，「一審判決不符合社會期待，會全力協助檢方上訴」？
縱然衛福部並非有意偽造、變造報告，然而科學檢驗並非全然的客觀，各項因素的的控制，都可能會導致結果的不同，因為無效或錯誤的科學所導致的冤案，不乏其例，蘇建和案、陳龍綺案都是著名的案例，因此必須對該份衛福部檢驗報告做充分的質疑，以釐清事實。
本庭中，檢察官也向法院提出聲請傳喚食品科學教授孫璐西、腎臟科醫生顏宗海及姜至剛為鑑定人。
對於三位鑑定人之聲請，辯護人認為，孫璐西在一審審理期間，曾多次投書媒體表達意見，文章內容也顯對本案有所預設立場，應適用拒卻的規定（編按：拒卻簡單講就是迴避的意思），不適合作為鑑定人，而顏宗海與姜至剛二人也曾經公開發表過對本案非中立之言論，二人恐怕無法客觀中立地就待鑑定事項做專業判斷。檢察官則回應，「專家鑑定都是根據科學文獻，專家一定會有意見，沒有意見就不叫專家了。」
刑事訴訟法第200條第1項規定，「當事人得依聲請法官迴避之原因，拒卻鑑定人。」第18條規定「當事人遇有左列情形之一者，得聲請推事（編按：推事就是法官）迴避：……二、推事有前條以外情形，足認其執行職務有偏頗之虞者。」辯護人的確可以依前述規定以有偏頗之虞為由聲請拒卻鑑定人，至於有沒有偏頗、夠不夠偏頗，這就要看法官來決定了。（詳閱：【法操小教室】證人與鑑定人）
最後，受命法官最後當庭整理爭點，簡單摘要如下：
程序爭點：
爭點一、楊振益偵查中受檢察官訊問時，同時以被告及證人的身分接受訊問，他的供述有沒有證據能力呢？
爭點二、越南代表處出示的A、B函有無證據能力？
爭點三、檢察官於一審審理時，至越南所取得的證據有無證據能力？
實體爭點：
爭點一、修正後的食品安全衛生管理法所規範者有無包含原料，或僅止於成品？
爭點二、食品安全衛生管理法第15條第1項第7款所指「攙偽或假冒」，一般認為是抽象危險犯，要不要限縮解釋為實質危險犯？
爭點三、頂新向大幸福所購入的油，屬性如何？是食用油還是飼料油？越南出具的檢驗是否有登載不實？
因為檢辯雙方當庭都有提出補充書狀，法官請雙方回去確認一下上面的爭點，並就對方的書狀內容具狀表示意見，等合議庭消化完雙方的意見再通知下次開庭的時間，而法操也會持續為各位關注此案。
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