2020.10.19運安會調查結果：
本次事故調查結果計調查發現50項，包括司機員之操作、調度員及檢查員之協助等直接肇因，其根源因素係臺鐵局未能提供司機員、檢查員及調度員完整手冊及程序以為作業依循；同時臺鐵局未能提供司機員、檢查員完整訓練、考驗及獨立檢定制度，致第一線執勤人員對列車系統及操作不熟悉；又因臺鐵局未落實已訂定規範之管理，致ATP有被違規隔離及列車有超速行為；另臺鐵局以營運為由刪減列車零件更換項目及延遲維修時程，致列車主風泵發生強制停機及性能不佳仍投入營運等。
2019.06.10案件更新：
宜蘭地檢署偵查終結，針對自行關閉ATP、ATP遠端監視系統失能、管理ATP 遠端監視等疏失，依過失致死罪，起訴尤姓列車司機員以及前柳姓臺鐵局機務處副處長、吳姓臺鐵局綜合調度所所長三人。
而三任台鐵局長，依據分層負責制度，局長難以得知上述疏失。調度員、檢查員，無法得知司機員關閉ATP的情況及無法預見過彎超速的情形，故給予不起訴處分。

2018年10月21日，普悠瑪出軌事故隨著檢方的調查，宜蘭地檢署於22日晚間，將關係人的尤姓司機員轉列為被告，由於尤姓司機員涉及業務過失致死，犯罪嫌疑重大，證詞反覆，檢方向法院聲請羈押。宜蘭地院於23日，裁定司機員以新台幣50萬元具保及限制住居及出境、出海。讓我們看看法院是怎麼認定的。

為什麼會造成翻覆？

根據宜蘭地方法院裁定新聞稿中，檢方認定之所以列車會翻覆，是因為過彎車速太高。列車翻覆的新馬站月台是一個大彎道，彎道限速為80公里，但在事故發前後，本該降速但時速卻一直攀升，過彎時的時速高達140公里，才會發生意外。

事故前
16：45（該列車車速直線爬升）→16：46（達120公里）→16：47（ 達140公里）

事故發生
16：48 （仍為140公里）

為什麼會超速？

1.列車超速防護系統未開啟
原本列車自動防護系統(列車超速防護系統，ATP)，因為列車動力問題，司機員在經過大溪時把ATP系統關閉。但根據其他證人證詞，依規定關閉ATP須於下一停靠站再行打開，但司機員在與調度員通話，而未再將ATP打開。

2.車上之刻度與儀表及實際車速均不符
從瑞芳站開始，就發現列車動力異常，車上之刻度與儀表及實際車速均不符。所以司機員就沒有再查看車速儀表，自己拉刻度控制車速，但用刻度控制，還是有降速和提速的狀況，依此情行，顯然無從單純以刻度為車速的依據。

司機員的過失？

1.與調度員通話，未依規定將ATP打開。
2.雖然失自動偵測、煞車之輔助，但司機員坦承平時有受有觀速的訓練。
3.在關閉ATP，失自動偵測、煞車之輔助得情況下，司機員知到前有月台大彎道，更應早為因應舉措，卻在靠近月台彎道後才急煞，導致列車翻覆，死傷慘重，有過失嫌疑重大。

為什麼檢察官要羈押，法院認為不用？

檢察官認為尤姓司機員的證詞前後不一，且與其他工作人員證詞不符，認為有串供之餘。但法院認為相關車速表以及行控對話錄音檔都已經扣案，其餘行車之通聯證人也都有紀錄可供查證。詳細的肇事原因，也可以透過專業鑑識人員為專業之鑑定解說，被告應該沒有串證的問題。認為被告雖然犯罪嫌疑重大，但並沒有羈押的必要，所以命限制出境出海。

這件事都是司機的錯嗎？

在列車翻覆後，除了傷者的救治新聞外，也有許多不同的聲音出現。網路上也出現標題為「我的爸爸是台鐵司機員」的投書。認為這件事不單純是司機員的問題，更是體制的問題。雖然這篇投書，並無法確認這名投書者，是否真的為台鐵司機員的女兒，也無法確定內容中，關於台鐵內部的權控關係。

但為什麼發現列車出現異常，卻還是照常行駛？司機員可以決定要開不開嗎？這些都是需要進一步調查，以釐清責任。但依照目前法院公布的新聞稿，其實列車員已經承認自己有部分的業務過失，對於這樣的自白，日後法院的審理，仍應就檢察官提出的卷證資料進行綜合判斷。

而為了避免類似事故再次發生，根據媒體報導，行政院表示首先會針對台鐵進行總體檢，另外行政院會擬定法案送進立法院審查，成立獨立運輸委員會，未來陸海空重大的交通事故，交由獨立運輸委員會調查。發生這樣的重大案件令人傷心，但台鐵的公共運輸，是台灣所必需的，希望政府能夠透過這個事件，真的推動改革、檢討，提供人民安全的公共運輸系統！