教育部課綱微調案引起社會高度質疑，暫且不論課綱微調有違反民主、扭曲歷史等問題，本事件涉及偽造文書，竟遭台北地檢署於104年4月10日簽結（103年他字第2215號），北檢片面採信教育部說詞，且對教育部高中分組會議錄音有應調查而未調查之違失，最後以矛盾理由簽結，嚴重破壞社會對檢察官之信任。

事實上，課綱微調案於103年1月27日，由時任教育部長蔣偉寧主持課審會議，其中議程白紙黑字指出1月25日高中分組會議「同意」公民課綱微調，但不論是媒體報導或與會者轉述，都直指1月25日高中分組會議決議是「不同意」公民課綱微調，教育部公文居然將「不同意」改成「同意」，明顯涉犯刑法第213條「公務員登載不實罪」，依法可處1年以上7年以下徒刑，而當天主導會議的蔣偉寧涉嫌重大。

基此，由永社組成「課綱違調究責追訴小組」於2014年2月20日正式按鈴告發教育部長蔣偉寧涉嫌刑法偽造文書「公務員登載不實罪」，由時任台灣教授協會會長、清大教授呂忠津及立法院教育委員會委員鄭麗君、何欣純和永社義務律師黃帝穎等四人聯名告發，北檢亦於同年5月16日首次開庭，庭中告發人強調檢察官應調取或扣押關鍵證據1月25日高中分組會議錄音檔。

豈料，北檢未盡調查義務，即草率簽結，亦無視「簽結」行為欠缺法律依據，且經監察院糾正。甚而，簽結理由傷害社會對檢察官之信任，北檢簽結理由及違失整理如下：

一、北檢搞錯方向：
本件告發狀已清楚指明：「被告蔣偉寧於2014年1月27日主持12年國民基本教育課程審議會。其中，12年國民基本教育課程審議會第5次審議大會議程（參告證二），登載：『四、十二年國民基本教育課程審議會高中分組第3次審議會於103年1月25日由召集人湯志民委員主持召開完峻，會議決議如下：…高中公民科15人表達同意微調，8人表達不同意微調』」。但本案重點在蔣偉寧1月27日行為涉嫌偽造文書，北檢竟以1月25日12年國教高中分組審議會是湯志民主持的，不是被告蔣偉寧當理由，顯然搞錯方向。

二、北檢採信教育部提供的會議紀錄，但未調查及比對：
告發狀已清楚指明：「雖經人民依法請求、立法委員依法調閱，然被告及其所屬機關迄今拒絕提供103年1月25日高中分組會議之會議紀錄與錄音，此除有違政府資訊公開法及行政程序法之公開原則外，更足認被告「作賊心虛」，而有滅證之虞，故聲請鈞署扣押103年1月25日會議紀錄及錄音，以為證據保全」，北檢卻連錄音檔都不願調取，執意護航教育部。

三、教育部程序黑箱，北檢僅採片面之詞：
北檢傳喚參與十二年國教高中分組審議會的教師作證，證稱「當下認為大家不支持微調案」、「不知道有委員未具名提供是否微調的意見」等語，足認教育部課綱微調程序黑箱，北檢仍採信教育部片面說詞。

四、北檢簽結理由自相矛盾：
北檢簽結理由以「該日於會議中並未當場表決公民科目不微調」反駁證人，但卻採信教育部說法「該日投票結果確係同意高中公民科微調有15人，不同意微調有8人」，到底高中分組審議會有沒有表決？北檢簽結理由自相矛盾。

綜上，課綱微調案黑箱違法，踐踏「正當法律程序」，台北高等行政法院對教育部程序不透明，以判決認定教育部違法；但北檢卻片面採信教育部說詞，且對教育部高中分組會議錄音有應調查而未調查之違失，最後以矛盾理由簽結，官官相護、毫不避諱，難令社會信服。