刑事訴訟程序是從偵查、起訴、審判到確定判決後執行刑罰為止。當刑事案件發生時，由被害人或是被害人家屬提起訴訟，多數刑事案件是由檢察官受理，依據《刑事訴訟法》第228條規定，檢察官因告訴、告發、自首或其他情事知有犯罪嫌疑者，應即開始偵查。

一、偵查：

檢察官受理案件後，經過偵查程序調查犯罪，發現特定嫌疑人涉有重嫌時，就會被檢察官列為被告。檢察官在偵查中要傳喚被告訊問時，應要以傳票傳喚被告（詳見：【法操小教室】檢察官對人的強制處分權）。

在訊問被告筆錄時，要遵守《刑事訴訟法》第41條規定，應當場製作筆錄，並記載對於受訊問人之訊問及其陳述、訊問筆錄製作的年、月、日及處所。作完筆錄後，應向受訊問人朗讀或令其閱覽，詢問筆錄是否有記載錯誤。 如果受訊問人請求將記載增、刪、變更者，則應將其陳述附記於筆錄。最後筆錄應命受訊問人緊接其記載之末行簽名、蓋章或按指印。

二、起訴：

若檢察官認定被告涉犯該刑事案件，就會提起公訴，由檢察官向管轄法院提出起訴書。起訴書內容會記載：

1、被告之姓名、性別、年齡、籍貫、職業、住所或居所或其他足資辨別之特徵。

2、犯罪事實及證據並所犯法條。

檢察官起訴時，也需一併將卷宗及證物送交法院。

三、審理：

當刑事案件進入法院審理，法官開始審理案件，《刑事訴訟法》第285條規定，審判期日，以朗讀案由為始。

而後是先有人別訊問，以確定被告身分，在《刑事訴訟法》第286條規定，審判長訊問被告，應先詢問其姓名、年齡、籍貫、職業、住所或居所，查驗被告有無錯誤，如果錯誤，應即釋放。確定被告身分後，檢察官就要陳述起訴的要旨，且法官必須依《刑事訴訟法》第287條規定，告知被告下列事項：

1、犯罪嫌疑及所犯所有罪名。罪名經告知後，法官認為應該變更罪名時，應再告知被告。

2、被告得保持緘默，不需要違背自己的意思而為陳述。

3、得選任辯護人。如為低收入戶、中低收入戶、原住民或其他依法令得請求法律扶助者，得請求法官幫被告選任辯護人。

4、被告得請求法官調查有利的證據。

法官接下來要決定可否適用簡式審判程序或簡易程序，確定審理程序後，檢察官負有舉證的責任，依據《刑事訴訟法》第161條第1項規定，檢察官就被告犯罪事實，應負舉證責任，並指出證明之方法。

當檢察官提出證據證明被告涉犯哪些罪時，法官審理案件會依據《刑事訴訟法》第154條第2項規定，犯罪事實應依證據認定之，無證據不得認定犯罪事實，以及《刑事訴訟法》第155條規定，證據之證明力，由法官自由心證判斷。在不違背經驗法則及論理法則之下判斷。而沒有證據能力、未經過合法調查的證據，不得作為判斷有、無罪的依據。

四、判決：

最後，法官會對該刑事案件判決有罪或無罪。如果沒有證據證明被告有罪，法官會依據《刑事訴訟法》第301條，不能證明被告犯罪或其行為不罰者，應諭知無罪之判決。但如果法官認定被告有罪，則會依據《刑事訴訟法》第309、310條有罪判決書主文、理由之記載規定，下有罪判決。若當事人對於下級法院的判決不服，依《刑事訴訟法》第344條第1項得上訴於上級法院。

有罪的判決確定後，如果有符合《刑事訴訟法》第420、421條之情形者，為受判決人之利益，得聲請再審。判決確定後，發現該案件的審判違背法令者，則依據《刑事訴訟法》第441條，最高法院檢察署檢察總長得向最高法院提起非常上訴（詳見：【法操小教室】再審與更審）。如果都沒有上訴、再審、非常上訴等情形，有罪的確定判決會依據《刑事訴訟法》第456條規定，除保安處分外，於確定後執行之。